产品定位不同
微信公众号：通过信息的传递实现人与信息的连接。主要以内容营销和信息传递为主、简单的服务为辅。
小程序：面向产品与服务，主要以功能服务为主。


运营方式不同
微信公众号：主要以粉丝运营为主，通过内容的撰写或营销活动策划，为了吸引更多人关注微信公众号，引导粉丝们在商城进行消费。
小程序：方式就很简单了，你知道打开微信，就会推荐5公里以内的小程序。选择你想要的小程序，进行消费就可以了。简单粗暴的方式，节省了运营费用。


功能不同
微信公众号：主要以内容为主,功能单一，对内容要求比较高，交互性基本上没有。不能实现直接购买，用户体验一般，消费转化率低。
小程序：基本上可覆盖所有行业的需求（外卖、企业展示、智慧门店、共享经济），功能强大、交互性高、提高用户使用感，可以直接购买，流失率低成交率高。


用户体验不同
微信公众号：操作延时较大，点击应该功能需要一段时间，用户体验较差。
小程序：用户体验接近原生APP，无需下载安装，使用起来比较的顺畅几乎不需要等待。


获取方式不同
微信小程序：入口深，通过搜索、好友推荐等方式，需要主动点击关注。
小程序：入口浅，扫码即可进入。共有包括二维码扫描、附近小程序、聊天、搜索、好友名片等50多种入口。
   

总结：微信公众号更加适合内容营销，而微信小程序更加适合线下商家。